Prevažná doba pôsobenia SAV je charakterizovaná postavením SAV ako súčasti ČSAV. Kolektív pracovníkov ÚA SAV viac rokov spolupracoval s partnerským archívom AV ČR na parciálnych témach spracovávajúcich vzťahy ČSAV a SAV. V súčastnosti je podpísaná bilaterálna dohoda na tému Odraz česko-slovenských vedeckých vzťahov v inštitúciách akademického typy. Výsledky projektu budú publikované v samostatnej vedeckej dvojzväzkovej monografii Dejiny Slovenskej akadémie vied (v spolupráci s Historickým ústavom SAV).